Natura 2000 is een Europees netwerk van beschermde natuurgebieden op het grondgebied van de lidstaten van de Europese Unie. Dit netwerk vormt de hoeksteen van het beleid van de EU voor behoud en herstel van biodiversiteit. Natura 2000 is niet enkel ter bescherming van gebieden (biotopen), maar draagt ook bij aan bescherming van soorten (en hun habitats).

Op 19 mei 2003 heeft de Nederlandse regering een lijst van 141 gebieden aangemeld als speciale beschermingszone, oftewel habitatrichtlijngebieden. Daarnaast waren er al vogelrichtlijngebieden aangewezen. Gecombineerd leidt dit tot 162 Natura 2000-aanmeldingen.

In 2009 heeft de Nederlandse regering nog vier nieuwe Natura 2000-gebieden bij de Europese Commissie aangemeld. Op 22 december 2009 besloot de Europese Commissie deze vier nieuwe mariene habitatrichtlijngebieden te plaatsen op de lijst van Gebieden van communautair belang: Doggersbank, Klaverbank, Vlakte van de Raan en Noordzeekustzone 2. Samen beslaan ze 7.330 km² van de Nederlandse Noordzee.

Doelstelling was dat ze in december 2010 alle 162 waren aangewezen. Op die datum was dat echter voor nog maar 56 het geval.

Op basis van de Natuurbeschermingswet van 1998 dient voor de gebieden die definitief zijn aangewezen binnen drie jaar een Beheerplan Natura 2000 te worden. Dat beheerplan is vervolgens zes jaar geldig (daarna volgt een nieuw plan of bijstelling van het vorige plan). De oorspronkelijke doelstelling was dat er per december 2013 beheerplannen zouden zijn voor alle 162 gebieden.

Nederland kent tevens het Natuurnetwerk Nederland, een netwerk van natuurgebieden die de ecologische hoofdstructuur (EHS) van Nederland vormen. De overheid streeft ernaar om in 2020 meer dan 750.000 hectare natuurgebied deel uit te laten maken van de EHS. In Nederland maken de Habitatrichtlijngebieden geheel en de Vogelrichtlijngebieden gedeeltelijk onderdeel uit van de EHS en ongeveer 45% van alle EHS-hectares op het land is ook Natura 2000-gebied.

De Nederlandse Natura 2000-gebieden worden beschreven in de boekenreeks Europese Natuur in Nederland door Joop Schaminée en John Janssen.

Proces

De totstandkoming van een Natura 2000-gebied gaat in vijf stappen: aanmelding, aanwijzing, maken beheerplan, inspraak en verlening vergunningen. Nadat een gebied is aangewezen door de rijksoverheid werkt deze samen met andere betrokken partijen (bijvoorbeeld natuurbeschermingsorganisaties of ondernemers) aan een beheerplan Natura 2000. Hierin staat wat moet gebeuren om de natuurdoelen voor dat gebied te halen en wie dat gaat doen. Ook staat erin welke activiteiten in het gebied mogen plaatsvinden zonder dat daar een vergunning voor nodig is. Deze activiteiten mogen de natuur niet schaden. Verder moeten de beheermaatregelen haalbaar en betaalbaar zijn. In het beheerplan staan derhalve afwegingen tussen de belangen van de natuur en andere sectoren.

Aanvankelijk werkten de ministeries en provincies die betrokken zijn bij Natura 2000 samen in het Interbestuurlijk Regiebureau Natura, om te coördineren. het had ondersteuning van een Steunpunt Natura 2000 dat hielp bij de totstandkoming van de beheerplannen door kennis te ontsluiten. Nadat Regiebureau en Steunpunt in 2011 waren opgeheven, vallen alle activiteiten onder de Regiegroep Natura 2000.